处理粪便的关键在于如何有效地去除粪便中的有机物质和杂物,以消除粪便对环境的污染和对人体的危害。 我国传统的粪便处理方法是将粪便运往农村，与垃圾混合后经过一段时间的自然发酵，然后作为农肥施用于农田。这种处理粪便的方法虽可将粪便转变成能用的肥料，但在堆腐过程中恶臭四溢，蚊蝇孳生，对周围环境造成二次污染。此外，经这种方法处理后的农肥绝大多数仍含有大量的致病菌，并通过农作物返回人群，造成疾病的传播。因此，这种处理粪便的方法难以达到卫生要求和保护环境的目的，这种方法已被淘汰。目前国内常采用的处理方法有两类。
国内常采用的处理方法
  （1）生物处理法

    粪便的生物处理法与城市生活污水的处理方法相似，但其处理技术和条件相对复杂。我国广州、上海早期所建的粪便处理厂采用的是生物处理法。生物处理法的种类有：好氧污泥曝气、生物滴滤、接触好氧、生物硝化脱氮、污泥床及各类方法的复合方法。生物处理法处理粪便所需时间长，要求所处理的污水BOD 浓度较低，一般在1000mg/L 以下。当所处理的污水BOD 浓度过高，会使处理效果减弱。因此，处理粪便必须进行10 ～ 20倍的稀释，使粪液的BOD浓度低于1000 mg/L以下，方可进入生物处理系统。这使得处理系统的建、构筑物的占地面积加大并要求有大量的稀释水源。 目前国内外的粪便处理厂为减小对粪便的稀释，多采用技术复杂、控制条件要求高、有高BOD负荷的生物处理方法或两种方法结合使用。北京市环境卫生设计科学研究所“八五”期间的研究课题即是采用上流式污泥床结合接触氧化法处理粪便，经2～ 5倍稀释后，BOD浓度为4000 mg/L 的粪便处理后BOD浓度达到45 mg/L。这样节省了水源和占地，但处理系统控制条件和运行费用较高。

   （2）絮凝沉淀和生物处理法
    这种处理方法是近十年来国外发达国家常使用的处理方法，目前已被国内所采用，如北京已建成的粪便处理厂、广东佛山粪便处理厂、深圳粪便处理厂。其工作原理是先向未处理粪便中添加化学絮凝剂并配以高效的脱水设备，将粪便中的悬浮物有效地去除，使粪液中的有机物和悬浮物含量大大降低，然后进行生物法处理。它的特点是絮凝沉淀处理段的处理效率较高， 所处理的粪便不需进行长时间的停留，可做到随到随处理，COD的去除率可达80％，出水可进行进一步的生物处理或与城市污水一起进行处理。 由于不需要对粪便进行稀释, 大大地减小了处理设施的占地面积， 减小了建设投资和运行费用。

国外粪便处理技术及现状
    欧洲、北美洲等发达国家的绝大部分城市的粪便都随生活污水排入市政管网。经过污水处理厂处理后排放。因此，在这些国家很少有独立的粪便处理厂。
    在德国一些地方(如Nordhausen、Thurngen等地)建有粪便排放厂，对粪便进行初级处理后排入市政下水管道。这些粪便排放厂是利用高效的固液分离设备和絮凝设备最大限度地将粪便中的固形物除去，降低排入市政下水管道中粪便的固体含量和BOD浓度。